| Urgência |
| Unidade de Cuidados Intensivos e Intermédios |
| Consultas de especialidades Cirúrgicas |
| Otorrinolaringologia |
| Unidade Funcional da Dor |
| Cirurgia Geral e Internamento |
| Bloco Operatório e Central de Esterilização |
| Estomatologia e Medicina Dentária |
| Unidade de Cirurgia de Ambulatório |
| Unidade de Tratamento de Ambulatório |
| Oftalmologia |
| Urologia |
| Anestesiologia |
| Ortopedia |
| Unidade Integrada de Angiologia e Cirurgia Vascular |
| Cirurgia Geral |
| Cirurgia de Ambulatório |
| Ginecologia e Obstétricia |
| Unidade de Cuidados Pós Anestésicos |
| Farmácia Hospitalar |
| Nutrição e Dietética |
| Serviço Social |
| Psicologia Clínica |
| Dermatologia |
| Medicina Interna e Internamento |
| Nefrologia |
| Unidade Funcional de Internamento de Convalescença e Reabilitação |
| Gastrenterologia |
| Endocrinologia |
| Consultas de especialidades Médicas |
| Neurologia |
| Psiquiatria |
| Unidade Integrada de Pneumologia |
| Cardiologia |
| Unidade Integrada de Reumatologia |
| Unidade Funcional de Triagem e Medicina Geral e Familiar |
| Pneumologia |
| Medicina Interna |
| Unidade Funcional de Nefrologia |
| Unidade Integrada de Infecciologia |
| Triagem e Medicina Geral e Familiar (Consulta Aberta) |
| Apoio aos Serviços de Medicina |
| Medicina Física e Reabilitação |
| Imagiologia |
| Patologia Clínica |
| Unidade Funcional de Imunohemoterapia |
| Imunohemoterapia / Medicina Transfusional |
| Medicina Nuclear |
| Pneumologia |
| Secretariado |
| Centro de Epidemiologia e Intervenção Preventiva |
| Junta Médica Única do HFAR |
| Unidade de Tratamento Intensivo de Toxicodependência e Alcoolismo do HFAR |
| Secretaria |
| Secção de Recursos Humanos |
| Secção de Logística |
| Gabinete Jurídico |
| Secção de Gestão de Utentes |
| Secção Logística |
| Secção de Apoio de Serviços |
| Secretaria do HFAR-PL |
| Serviço de Instalações e Equipamentos |
| Serviço de Comunicações e Sistema de Informação |
| Serviço de Aprovisionamento |
| Serviço de Gestão de Utentes |
| Gabinete de Análise Prospetiva e Controlo de Gestão |